Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. «Кызылташ» дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял третье место. В сезоне 2017/18 гг. коллектив пополнил ряды Премьер-лиги КФС. Свой первый чемпионат среди профессионалов «Кызылташ» завершил на 5-м месте, в сезоне 2018/19 гг. бахчисарайцы стали 6-ми, а в сезоне 2019/20 гг. – 5-ми. Сезон 2020/21 гг. «Кызылташ» откровенно провалил, заняв итоговое 7-е место. Только в переходных матчах с серебряным призёром любительского чемпионата Крыма – ПФК «Ялта» бахчисарайская команды смогла отстоять место в Премьер-лиге КФС, обыграв соперника по сумме двух матчей, – 1:2 и 3:0.
В летнее межсезонье главный тренер Кызылташа» Станислав Гудзикевич провёл серьёзную ротацию состава. Коллектив покинула большая группа футболистов. В то же время в Бахчисарай перебрались защитники А.КОНЦЕДАЛОВ («ТСК-Таврия»), Д.СИТНИКОВ («Евпатория»), И.ВОЛКОВ («Форте», Таганрог), Х.ГАДЖИЕВ («Фаворит-ВД Кафа»), полузащитники А.НЕСКОРОМНЫЙ, Д.ПОЛЬСКИЙ («Крымтеплица»), А.ХРУЩЁВ («Фаворит-ВД Кафа») и Р.АКИМОВ, нападающие И.ПШЕНИЧНИКОВ («Фаворит-ВД Кафа») и Д.ГРЕБЕНЮКОВ («СКА Ростов-на-Дону»).
Всего в чемпионатах Премьер-лиги КФС «Севастополь» и «Кызылташ» сыграли между собой 17 матчей. 13 побед на счету нашей команды, и четыре раза была зафиксирована ничья. Разница забитых и пропущенных мячей – 43:23 в пользу севастопольцев.
Последняя очная встреча коллективов состоялась 4 сентября 2021 года в Бахчисарае в 3-м туре чемпионата Премьер-лиги КФС и завершилась победой «Севастополя» – 2:0.
«Кызылташ» проводит домашние матчи на стадионе «Дружба» в Бахчисарае (вместимость – 4500 мест).
Матч с «Кызылташем» наша команда должная была сыграть на своём стадионе, но в связи с тем, что не у всех футболистов и тренеров бахчисарайской команды имелись в наличии QR-коды, подтверждающие вакцинацию от коронавирусной инфекции или факт перенесённого заболевания, что исключало возможность их проезда в Севастополь с 30 октября по 7 ноября, президиумом КФС было принято решение о переносе игры в Бахчисарай, причём хозяином поля в этом случае считался «Кызылташ». Команды поменялись кругами и теперь «Севастополь», в свою очередь, весной дважды примет бахчисарайцев на своём поле.
Факт переноса матча с позитивом восприняли севастопольские болельщики, которым был запрещён вход на СОК «Севастополь» в случае проведения игры в городе-герое. Тем более что стадион «Дружба» в Бахчисарае ещё с украинских времён считается фартовым для нашей команды. С отличным настроем на игру вышли и подопечные Олега Лещинского, тяжело перенёсшие поражение в предыдущем туре от «Рубина Ялты» и желавшие доказать болельщикам и себе, что это было всего лишь случайное недоразумение.
С первых минут встречи «Севастополь» включил максимальные скорости, и оборона «Кызылташа» стала трещать по швам. Раз за разом на ударной позиции оказывался Владислав Цой, но не ему суждено было открыть счёт в матче. Сделал это на 10-й минуте Владислав Гевлич, который, находясь в центре штрафной, хитро пробил из-за спины защитника «Кызылташа», оставив не у дел ещё и вратаря хозяев поля, – 0:1. Спустя пятнадцать минут наша команда удвоила счёт. После розыгрыша стандартного положения оборона хозяев поля потеряла в своей штрафной Александра Челядника, который с угла вратарской мощным ударом вогнал мяч в сетку ворот Рамзана Мутусханова – 0:2. Гости отлично провели первую половину встречи и могли снять все вопросы о победителе противостояния ещё до перерыва, или вначале второго тайма, но каждый раз завершающий удар оставлял желать лучшего или откровенно везло голкиперу «Кызылташа». Наша команда на 47-й минуте всё-таки забила свой третий гол, но решением судьи матча он был отменён по причине офсайда у игрока гостей. На 53-й минуте хозяева поля сумели отыграть один мяч. После розыгрыша штрафного в центре нашей вратарской забыли Вячеслава Пурака, который в падении головой перекинул мяч через Евгения Замерца – 1:2.
В дальнейшем игра приобрела нервный характер с равными шансами на успех. Откровенно не везло Владиславу Цою, который имел несколько хороших возможностей отличиться, но вратарь «Кызылташа» смог выиграть все дуэли у нашего нападающего. Были шансы увеличить свой голевой счёт и у Артура Айметдинова, но до конца матча цифры на табло так и не изменились.
В итоге седьмая победа в сезоне нашей команды, которая позволила ей остаться в лидерах чемпионата, имея преимущество над «ТСК-Таврией» в один балл. Очередной тур состоится уже в ближайшую среду. 3 ноября «Севастополь» сыграет в Алуште с местным «Алустоном – ЮБК». Встреча пройдёт на территории «Тренировочного центра спортивной подготовки сборных команд России "Крымский". Начало матча в 14.00.
Первый тайм завершён. Он прошёл с заметным преимуществом нашей команды. Могли забить больше. Кызыл также был опасен а атаках, но надежен в воротах Замерец