Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. «Кызылташ» дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял третье место. В сезоне 2017/18 гг. коллектив пополнил ряды Премьер-лиги КФС. Свой первый чемпионат среди профессионалов «Кызылташ» завершил на пятом месте, в сезоне 2018/19 гг. бахчисарайцы стали шестыми.
Текущий чемпионат «Кызылташ» проводит на своём привычном уровне, занимая 5-е место после трёх кругов, сохраняя теоретические шансы на бронзовые медали турнира. В июле в коллективе поменялся главный тренер. Место ушедшего в «ТСК-Таврию» Анатолия Скворцова занял Вячеслав ЖИГАЙЛОВ, до этого занимавший в «Кызылташе» должность тренера.
Перед рестартом чемпионата Премьер-лиги КФС сезона-2019/20 "Кызылташ" покинула целая группа игроков: защитники Алексей Курилов, Сергей Шестаков; полузащитники Казбек Гетериев, Руслан Мамутов, Альберт Богатырев и Георгий Березов; нападающий Гарегин Киракосян. Пополнили бахчисарайский клуб пятеро футболистов: защитник Сергей НЕКРАСОВ, ("Инкомспорт»); полузащитники Дмитрий ЗЕЛЕНКЕВИЧ (УОР), Денис МАЛЫШЕВ ("ТСК-Таврия"), Иван ДАНИЛОВ ("Ростов-д"); нападающий Владислав АЛЕКСИН («Крымтеплица»).
Всего в чемпионатах Премьер-лиги КФС «Севастополь» и «Кызылташ» сыграли между собой 11 матчей. 8 побед на счету нашей команды и три раза была зафиксирована ничья. Разница забитых и пропущенных мячей – 26:13 в пользу севастопольцев.
Последняя очная встреча коллективов в чемпионате Премьер-лиги КФС состоялась 7 марта 2020 г. в Новопавловке и завершилась вничью –1:1.
По статистике «Кызылташ» является самым удобным соперником для нашей команды. Достаточно сказать, что до отчётного матча бахчисарайцы ещё ни разу не выигрывали у «Севастополя» в рамках чемпионата Премьер-лиги КФС, сыграв лишь три раза вничью и восемь раз проиграв. При этом встречи с нашими ближайшими географическими соседями всегда проходят в напряжённой, порой ожесточённой борьбе с итоговой драматической развязкой. Не стал исключением и матч прошедшего тура.
Начало игры не предвещало ничего сверхординарного. Как и положено хозяевам поля они всей командой пошли вперёд и уже на 3-й минуте Алексей Ткач имел хорошую возможность открыть счёт, но, пробивая с разворота с линии вратарской, попал в ногу защитника. В течение последующих двадцати минут «Севастополь» нагружал оборону гостей по полной, позволив сопернику считанные разы пересечь центральную линию поля. Как закономерный итог — на 30-й минуте подопечные Олега Лещинского открыли счёт. Сделал это в своём фирменном стиле Дмитрий Матвиенко, отправивший мяч со штрафного в верхний угол ворот Виталия Троцкого — 1:0. Спустя шесть минут счёт уже стал 2:0. Наша команда вновь использовала стандартное положение. Андрей Кива навесил в центр штрафной и на опережение сыграл Алексей Ткач, головой отправивший мяч в сетку ворот «Кызылташа». На 39-й минуте Захар Тарасенко мог довести счёт до крупного, но после его удара головой мяч прошёл рядом со штангой.
На 43-й минуте гости неожиданно отыграли один гол. После редкого углового в нашу сторону мяч попал в ногу Леониду Загребельному и оказался в сетке ворот — 1:2. Холодным душем для нашей команды стал гол «Кызылташа» на 45-й минуте, когда в одной из атак Даниил Наговицин, получив мяч в центре штрафной, обыграл двух защитников и вратаря и сделал счёт 2:2. Неожиданная развязка первого тайма!
Было очевидно, что после перерыва «Севастополь» будет стараться исправить несправедливую для себя ситуацию. Но на 47-й минуте она стала для нашей команды ещё сложнее. Владислав Алексин после очередной атаки вывел бахчисарайцев вперёд — 2:3.
Вспоминая историю встреч севастопольцев с "Кызылташем", надо отметить, что наша команда порой по ходу матчей находилась и в более сложных положениях, но каждый раз с честью выходила из них, набирая очки и завоёвывая победы. В этом случае вновь всё завершилось благополучно благодаря неуёмной воле к победе и запредельным морально–волевым качествам футболистов из города-героя. Игра у подопечных Олег Лещинского получалась, атаки следовали одна за другой и чувствовалось, что гол назревает. «Севастополь» сравнял счёт на 66-й минуте. После очередного углового, только что вышедший на поле Антон Пенчелюзов, опередил защитников «Кызылташа» и протолкнул мяч в сетку ворот Виталия Троцкого — 3:3. В оставшееся время наша команда продолжала штурмовать защитные порядки гостей и как итог — гол Никиты Глушкова на 86-й минуте, который ознаменовал волевую викторию хозяев поля 4:3.
«Севастополь» добывает третью подряд победу и сокращает отставание от, идущей второй «Крымтепицы», до одного очка. По итогам прошедшего тура определился чемпион Премьер-лиги КФС текущего сезона. Во второй раз в своей истории им стал футбольный клуб «Евпатория». Теперь нашей команде предстоит сыграть три матча на выезде – два в чемпионате и одни в Кубке. Ближайший — состоится 8 августа в Феодосии с «Фаворитом – ВД Кафой».