Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. «Кызылташ» дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял 3-е место. В сезоне 2017/18 гг. коллектив пополнил ряды Премьер-лиги КФС и провел в этом турнире девять сезонов. До выхода в 2023 году из КФС футбольных клубов «Севастополь» и «Рубин Ялта» бахчисарайская команда не могла похвастаться особыми турнирными достижениями и подняться выше 5-го места в чемпионате. Единственным трофеем за данный период стал Кубок КФС, выигранный в сезоне 2021/22 гг. под руководством главного тренера Алексея Грачева. Начиная с сезона 2023, «Кызылташ» не покидал пьедестал почета Премьер-лиги КФС, заслуженно выиграв золотые медали в сезоне-2025. За время выступления в ПЛ КФС главными тренерами бахчисарайской команды успели поработать: Вадим Хафизов, Роман Войнаровский, Владимир Мартынов, Анатолий Скворцов, Алексей Грачев, Сергей Трубицин, Станислав Гудзикевич, Валерий Есипов, Олег Лещинский, Вячеслав Жигайлов. Каждый из тренеров оставил свой позитивный след в истории команды, но именно Вячеславу Жигайлову в тандеме с Евгением Ситневским удалось выиграть с командой «золото» крымской Премьер-лиги и поднять «Кызылташ» в LEON-Вторую лигу Б.
В чемпионатах Премьер-лиги КФС «Севастополь» и «Кызылташ» сыграли между собой 24 матча. 19 побед на счету нашей команды, четыре раза была зафиксирована ничья и один раз выигрывали бахчисарайцы. Разница забитых и пропущенных мячей – 58:27 в пользу севастопольцев.
«Кызылташ» выступает в LEON-Второй лиге Б под руководством главного тренера Геннадия Орбу, который возглавил команду в зимнее межсезонье. Была проведена качественная селекция, которая в итоге сказалась на турнирных показателях бахчисарайцев в ходе чемпионата. Команда занимает 5-е место в турнире, что для новичка лиги является позитивным результатом.
На уровне LEON-Второй лиги Б соперники провели один матч. Состоялся он в Симферополе 23 мая в рамках 9-го тура на стадионе ЦСПСК РК и завершился победой «Севастополя» 2:0.
«Кызылташ» проводит домашние матчи в Симферополе на стадионе ЦСПСК РК («Локомотив») (разрешенная вместимость – 4800 мест).