«Нарт» был создан в 1982 году, став первым представителем Карачаево-Черкесской республики на уровне команд мастеров СССР, а затем и профессиональных турниров России. До этого времени различные местные команды выступали исключительно в городских, областных и краевых соревнованиях коллективов физкультуры. Девять сезонов успел провести «Нарт» в чемпионате Второй лиги СССР и наивысшего успеха добился в 1989 году, когда в зональном турнире занял 7-е место при 22 участниках.
В 1992 году при формировании российских футбольных лиг «Нарт» получил место в Первой лиге, где выступал на протяжении двух сезонов. В дальнейшем черкесская команда выше Второй лиги не поднималась, большую часть времени выступая на любительском уровне. В 2003 году «Нарт» потерял профессиональный статус и смог вернуть его только спустя 20 лет.
В 2023 году главой Карачаево-Черкесской республики Рашидом Термезовым было принято решение о воссоздании футбольного клуба «Нарт». Команда заявилась в первенство ЮФО/СКФО среди команд 3-го дивизиона и, став серебряным призёром, получила право на повышение в классе.
Сезон-2024 в LEON-Второй лиге Б команда завершила в середине турнирной таблице (9-е место), а 2025 год стал одним из самых успешных в истории «Нарта» – 4-е место в первенстве.
В нынешнее зимнее межсезонье ушел из жизни генеральный директор «Нарта» Алибек Коркмазов. Полгода после этого команда играла под руководством главного тренера Ахмада Магомедкамилова, который летом сложил свои полномочия. Вместе с ним ушли ведущие футболисты, среди которых нападающий Александр Оленёв, перешедший в «Севастополь». Команду возглавил Тимур Битоков, помогавший Магомедкамилову в первой части сезона.
История официальных встреч «Севастополя» и «Нарта» насчитывает семь матчей. Шесть побед на счету нашей команды и одна игра завершилась вничью – 1:1. Разница забитых и пропущенных мячей — 12:5. Последний раз соперники встречались в Черкесске 6 июня. Тогда в рамках 11-го тура «Севастополь» одержал победу 1:0. Мяч на последней минуте встречи забил Вадим Зубавленко.
Команда из Черкесска выступает на стадионе «Нарт», который рассчитан на 9018 мест и располагает газоном с натуральным покрытием.