Первые данные о футболе на территории нынешней Карачаево-Черкесской республики относятся к 1923 году, года в станице Баталпашинской (ныне город Черкесск) были сформированы команды РКСМ и Профсоюзов. С 1927-го по 1930 гг. сборная станицы провела матчи с коллективами Армавира, Краснодара, Майкопа и Пятигорска. В дальнейшем различные местные команды выступали исключительно в городских, областных и краевых соревнованиях коллективов физкультуры вплоть до 1982 года, когда был создан, ставший первым представителем Черкесска на уровне команд мастеров СССР, а затем и профессиональных турниров России «Нарт». Девять сезонов успел провести «Нарт» в чемпионате Второй лиги СССР, и наивысшего успеха добился в 1989 году, когда в 9-й зоне занял 7-е место при 22 участниках.
В 1992 году при формировании российских футбольных лиг «Нарт» был представлен с Первой лиге, где выступал на протяжении двух сезонов. В 1993 году, заняв предпоследнее место в Первой лиге в зоне «Запад», команда из Черкесска опустилась сразу в только созданную профессиональную Третью лигу России, которая просуществовала всего три года. В 1998 году «Нарт» вновь – во Второй лиге России зоне «Юг», но только на сезон, по окончании которого команда потеряла профессиональный статус. С 1999-го по 2001 гг. «Нарт» выступал среди коллективов физкультуры Юга России. В 2002 году команда из Черкесска вернулась во Вторую лигу, но всего на два сезона. По итогам турнира 2003 года «Нарт» занял предпоследнее место в своей зоне и вновь лишился профессионально статуса. Был период, когда столица Карачаево-Черкессии во Второй лиге России была представлена футбольным клубом «Интер». Но продолжался он недолго – всего два сезона (2019/20 и 2020/21) и оказался безуспешным. Что касается «Нарта», то команда периодически появлялась на любительском уровне, выступая в чемпионате Ставропольского края.
В 2023 году главой Карачаево-Черкесской республики Рашидом Термезовым было принято решение о воссоздании футбольного клуба «Нарт». Команда заявилась в чемпионат Южного и Северо-Кавказского федеральных округов по футболу среди мужчин в рамках зонального этапа Всероссийских соревнований по футболу среди мужчин «III дивизион» спортивного сезона 2023 года. В турнире приняли участие 16 коллективов физкультуры, которые были поделены на две зоны. «Нарт» уверенно выиграл соревнования в СКФО и в финале за первое место встретился с победителем группы ЮФО – «Строителем» (Каменск-Шахтинский). Соперники сыграли два матча – дома и на выезде. Итог – 1:5 и 2:2 в пользу коллектива из ростовской области. Таким образом, «Нарт» стал серебряным призёром и получил право на повышение в классе. Кстати, бронзу чемпионата завоевал «Ангушт» (Назрань), который также в этом сезоне вернулся в профессиональный футбол.
Команда из Черкесска выступает на стадионе «Нарт», который прошёл масштабную реконструкцию в период с 2018-го по 2022 годы. Арена вмещает 10000 мест и располагает газоном с натуральным покрытием. В связи с тем, что поле не успевали подготовить к началу сезона 2024 года, команда по согласованию с ФНЛ первые четыре тура провела на выезде. Результат – три ничьи и одно поражение. «Нарт» отобрал очки у «Кубани Холдинга» – 2:2, «Динамо Ставрополя» – 0:0, «Победы» – 1:1 и уступил «Астрахани» – 0:3.
Матч с «Севастополем» для «Нарта» станет знаменательным событием, так как спустя 20 лет черкесский клуб вновь сыграет на профессиональном уровне на своём родном стадионе.