Клуб образован в 1924 году. При рождении получил имя «Кратер», затем назывался «Коммунар», «Биофабрика», «Прогресс», «Биолог», «Динамо-Биолог» и, наконец, с 2011 года – «Биолог-Новокубанск». Клуб аффилирован с ФКП "Армавирская Биологическая фабрика", а директор этого предприятия Евгений Сусский является президентом клуба. Ранее «Биолог-Новокубанск» выступал в любительском первенстве России и в первенстве Краснодарского края. В 2010 году команда победила в Южной зоне любительского первенства России и заняла 3-е место в финальном турнире любительского первенства России, а также победила в Южной зоне Кубка России среди любителей. С сезона – 2011/12 «Биолог-Новокубанск» выступает в первенстве Второй лиги России.
Клуб занимал следующие места в турнире:
2011/12 – 15-е место (из 18 команд); 2018/19 – 8-е место (из 15);
2012/13 – 10-е место (из 17); 2019/20 – 9-е место (из 16);
2013/14 – 14-е место (из 18); 2020/21 – 11-е место (из 17);
2014/15 – 11-е место (из 18); 2021/22 – 8-е место (из 17);
2015/16 – 10-е место (из 14); 2022/23 – 6-е место (из 14);
2016/17 – 11-е место (из 16); 2023 – 5-е место (из 7) (группа 1.1);
2017/18 – 12-е место (из 17); 2023 – 4-е место (из 8) (группа 1.Б).
В межсезонье в тренерском штабе команды произошли изменения. Руководство клуба приняло отставку главного тренера Леонида Назаренко, который возглавлял коллектив с 2015 года. На этом посту его сменил Дмитрий Ефремов, ранее работавший в ФК «Космос» (Долгопрудный).
Зимой по различным причинам команду покинули 14 футболистов. Им на смену были приглашены: вратарь Максим КАРМАЗИН («СКА Ростов-на-Дону»); защитники Захар ВЕДЕРНИКОВ («Енисей-2», Красноярск) и Дмитрий НЕПЛЮЕВ («Торпедо Миасс»); полузащитники Александр БАРАНЦОВ («Кубань Холдинг», Павловская), Роман ТИМАКОВ («Машук-КМВ», Пятигорск), Арсен ЦОГОЕВ («Вест Армения», Ереван) и Сиёвуш ХАБИБУЛЛОЕВ; нападающие Дмитрий ПЕРЕВЕРЗЕВ («Спартак», Кострома) и Богдан КОНДРАМАШИН («Факел-2», Воронеж).
«Биолог-Новокубанск» стартовал в сезоне домашним матчем с «Победой» из Хасавюрта, который завершился боевой ничьей – 2:2.
В прошлом сезоне соперники провели свои первые официальные очные встречи. В Севастополе 6 августа 2023 г., победу одержал «Биолог-Новокубанск» – 1:0, а в поселке Прогресс 17 сентября 2023 г. команды разошлись миром – 1:1.
«Биолог-Новокубанск» проводит домашние матчи на стадионе «Биолог» в посёлке Прогресс, Новокубанского района, Краснодарского края. Вместимость трибун – 2300 мест.
Цвета клуба: бело-жёлто-синие.