Клуб образован в 1924 году. При рождении получил имя «Кратер», затем назывался «Коммунар», «Биофабрика», «Прогресс», «Биолог», «Динамо-Биолог» и, наконец, с 2011 года – «Биолог-Новокубанск». Клуб аффилирован с ФКП "Армавирская Биологическая фабрика", а директор этого предприятия Евгений Сусский является президентом клуба. Ранее «Биолог-Новокубанск» выступал в любительском первенстве России и в первенстве Краснодарского края. В 2010 году команда победила в Южной зоне любительского первенства России и заняла 3-е место в финальном турнире любительского первенства России, а также победила в Южной зоне Кубка России среди любителей. С сезона – 2011/12 «Биолог-Новокубанск» выступает в первенстве Второй лиги России.
Клуб занимал следующие места в турнире:
2011/12 – 15-е место (из 18 команд); 2017/18 – 12-е место (из 17);
2012/13 – 10-е место (из 17); 2018/19 – 8-е место (из 15);
2013/14 – 14-е место (из 18); 2019/20 – 9-е место (из 16);
2014/15 – 11-е место (из 18); 2020/21 – 11-е место (из 17);
2015/16 – 10-е место (из 14); 2021/22 – 8-е место (из 17);
2016/17 – 11-е место (из 16); 2022/23 – 6-е место (из 14).
Минувший сезон стал самым успешным в истории «биологов» – они обосновались на шестой позиции в итоговой таблице первенства. По сообщениям футбольных СМИ команде было предложено стартовать в «Дивизионе А», «Серебро» Второй лиги, но по логистическим и финансовым причинам «Биолог-Новокубанск» отказался.
Главным тренером команды является в прошлом известный советский футболист, мастер спорта международного класса, нападающий СКА (Ростов-на-Дону) и ЦСКА (Москва), игрок сборной СССР, бронзовый призёр Олимпиады 1976 года в Монреале Леонид Васильевич Назаренко. В настоящее время он тренер высшей категории, имеющий диплом «PRO-УЕФА».
Игра первого круга, прошедшая в Севастополе 6 августа 2023 г., завершилась победой «Биолога-Новокубанска» – 1:0.
«Биолог-Новокубанск» проводит домашние матчи на стадионе «Биолог» в посёлке Прогресс, Новокубанского района, Краснодарского края. Вместимость трибун – 2300 мест.
Цвета клуба: бело-жёлто-синие.