История «Крымтеплицы» начинается в 1999 году, когда на одноименном сельхозпредприятии была создана футбольная команда. В 2000 году она стала чемпионом Украины среди сельских коллективов физкультуры, а в 2001-м подтвердила свой статус, параллельно завоевав «бронзу» в чемпионате Крыма. В 2002-м команда из Молодежного стала чемпионом Крыма, и руководство клуба приняло решение заявить коллектив во вторую лигу чемпионата Украины. В своём дебютном сезоне 2003/04 гг. «тепличники» завоевали «бронзу», а уже в следующем году досрочно стали чемпионами. «Крымтеплица» провела в первой лиге украинского футбола восемь сезонов. Лучший результат – 4-е место в чемпионатах 2006/07 и 2010/11 годов.
Очередным этапом в истории команды стал чемпионат Премьер-лиги КФС. Первый сезон 2015/16 гг. «Крымтеплица» провела в турнире любительских команд, который уверенно выиграла. В дебютном сезоне в Премьер-лиге КФС «Крымтеплица» завоевала серебряные медали и стала финалистом Кубка КФС. В сезоне 2017/18 гг. коллектив из Молодежного выиграл Открытый зимний Кубок КФС, Кубок и Суперкубок Премьер-лиги КФС. В сезоне 2018/19 гг. «Крымтеплица» до последнего тура боролась за чемпионство, но в итоге завершила турнир на третьем месте.
В летнее межсезонье ««Крымтеплица» плодотворно поработала на трансферном рынке в поисках футболистов, которые могли бы усилить команду. В итоге состав «тепличников» пополнили 10 новичков: вратарь Олег ПРОКОШИН («Гвардеец); защитники Павел ВАСИЛЬЕВ («Лада» Тольятти), Александр ЯРКОВОЙ («Рязань»), Денис ДАНЮК (МФК «Металлург» Запорожье); полузащитники Редван МЕМЕШЕВ («Славия-Мозырь» Беларусь), Роман ВАСЮКОВ (воспитанник академии ФК «Краснодар»), Тарас МЕДВЕДЕНКО (ФК «Севастополь»), Никита ВАСИЛЬЕВ («Авангард-Инкомспорт» Ялта), Игорь ЗУБКО («Кызылташ»); нападающий Руслан ЭМИНОВ («Крымтеплица-2»).
В рамках чемпионата Премьер-лиги КФС «Севастополь» и «Крымтеплица» провели 13 матчей. Шесть поединков выиграла наша команда, четыре – «Крымтеплица», и три матча завершились вничью. Разница забитых и пропущенных мячей – 21:16 в пользу севастопольцев.
Последняя очная встреча коллективов в чемпионате Премьер-лиги КФС состоялась 29 сентября 2019 года в посёлке Аграрное в рамках 7-го тура и завершилась победой хозяев поля – 2:1.