Официальной датой создания бахчисарайского клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. «Кызылташ» дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял третье место. В сезоне 2017/18 гг. команда пополнила ряды Премьер-лиги КФС. Свой первый чемпионат среди профессионалов «Кызылташ» завершил на пятом месте, в сезоне 2018/19 гг. бахчисарайцы стали шестыми.
В Кубке КФС «Кызылташ» проводит свой четвёртый сезон. Дальше четвертьфинальной стадии коллектив ещё ни разу не квалифицировался. В сезоне 2016/17 гг. в 1/8 финала «Кызылташ» дома проиграл керченскому «Океану» – 0:3. Через год бахчисарайская команда сумела преодолеть предварительный раунд, обыграв на выезде СГ ПФК «Севастополь» – 3:0, но в 1/4 финала «Кызылташ» уступил по сумме двух матчей «Крымтеплице» – 1:2 и 0:3. В сезоне 2018/19 гг. в 1/8 финала, играя на выезде, «Кызылташ» учинил разгром СГ ПФК «Севастополь» – 9:0, но четвертьфинальную стадию вновь не смог преодолеть, проиграв противостояние ФК «Севастополь» – 1:0 и 1:3.
Текущий розыгрыш Кубка КФС бахчисарайцы начали с 1/4 финала, и вновь жребий свёл «Кызылташ» с нашей командой. Первый поединок состоялся 9 октября в Севастополе, и несмотря на ощутимое игровое преимущество подопечных Станислава Гудзикевича, завершился минимальной победой хозяев поля – 2:1.
Поединок «Кызылташ» – «Севастополь» пройдет 13 ноября (среда) в Новопавловке на стадионе СОК «Скиф». Начало в 14.00.