Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. «Кызылташ» дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял третье место. В сезоне 2017/18 гг. команда пополнила ряды Премьер-лиги КФС. Свой первый чемпионат среди профессионалов «Кызылташ» завершил на пятом месте, в сезоне 2018/19 гг. бахчисарайцы стали шестыми.
В летнее межсезонье «Кызылташ» существенно обновил свои ряды. В коллективе сменился главный тренер. Им стал севастополец Анатолий СКВОРЦОВ, ранее возглавлявший симферопольскую «ТСК-Таврию» и феодосийскую «Кафу». После завершения сезона 2018/19 «Кызылташ» покинули: вратарь Дмитрий Волкотруб; защитники Илья Кожемякин, Алексей Ткач; полузащитники Вадим Автаев, Арсен Гафаров, Игорь Зубко, Роман Харченков; нападающие Эдуард Богданов, Александр Борщ, Алексей Каштанов и Игорь Нехаев. Им на смену были приглашены: вратарь Александр КАРНАУХОВ («СКА Ростов-на-Дону»); защитники Анзор ШУРДУМОВ («ТСК-Таврия»), Кирилл ПРОЦИШИН («Энергия» Новая Каховка, Украина); полузащитники Никита ПОПОВ («Авангард-Инкомспорт» Ялта), Севак ПАРСАДАНЯН («Машук-КМВ» Пятигорск), Азамат АТАЕВ («ТСК-Таврия»), Александр РЫБОЛОВЛЕВ («Инкомспорт»); нападающий Даниил НАГОВИЦИН («Зенит-Ижевск»). После недолгого пребывания в белорусском «Слуцке» в коллектив вернулся нападающий Алексей КУРИЛОВ.
Первый круг чемпионата «Кызылташ» завершил на пятом месте, имея в активе победы над «Фаворитом – ВД Кафа» – 3:1, «Инкомспортом» – 3:2 и «Океаном» – 3:2. Бахчисарайцы дважды сыграли вничью 1:1 – с «ТСК-Таврией» и «Крымтеплицей», и дважды проиграли 0:1 – «Севастополю» и «Евпатории».
Всего в чемпионатах Премьер-лиги и Кубке КФС «Кызылташ» и «Севастополь» сыграли между собой 11 матчей. 9 побед на счету нашей команды, один раз была зафиксирована ничья, и один раз выиграли бахчисарайцы. Разница забитых и пропущенных мячей – 27:13 в пользу севастопольцев.
Последний раз в Кубке КФС соперники встречались в прошлом сезоне на стадии 1/4 финала. Тогда в первом матче, состоявшемся в Севастополе, победили гости – 0:1. В ответной игре сильнее была наша команда – 3:1, по сумме двух игр прошедшая в полуфинал, а затем и выигравшая Кубок.