Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. «Кызылташ» дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял 3-е место. В сезоне 2017/18 гг. команда пополнила ряды Премьер-лиги КФС. Свой первый чемпионат среди профессионалов «Кызылташ» завершил на 5-м месте. Руководством клуба результат был признан успешным, и в текущем сезоне «Кызылташу» поставлена задача войти в тройку призеров.
Осеннюю часть чемпионата бахчисарайская команда завершила на непривычно низком для себя 6-м месте, в результате чего зимой в коллективе произошли серьезные кадровые изменения. Команду покинули вратарь Денис Макогоненко, защитники Алексей Курилов, Максим Давидчук, полузащитники Алексей Тищенко, Владислав Гончаров, Сосланбек Дзагоев, нападающий Александр Борщ. Им на смену были приглашены вратарь Дмитрий ВОЛКОТРУБ («Динамо» Ставрополь), защитники Никита ГАРКУША («Рубин-Ялта»), Алексей ТКАЧ («Ростов»), полузащитники Амет ДУГУ («Мерани Мартвили» Грузия), Игорь ЗУБКО («Океан» Керчь), Роман ХАРЧЕНКО («Динамо» Брянск), нападающие Эдуард БОГДАНОВ («Сибирь» Новосибирск), Алексей КАШТАНОВ («Кварт» Обнинск), Игорь НЕХАЕВ («ТСК-Таврия»).
В первых трех поединках весенней части чемпионата «Кызылташ» набрал 4 очка и продолжает оставаться на 6-м месте. Бахчисарайская команда взяла верх в гостях над «Гвардейцем» – 2:0, уступила дома «Крымтеплице» – 0:3 и сыграла в родных стенах вничью с «Океаном» – 2:2.
История личных встреч ФК «Севастополь» и ПФК «Кызылташ» в рамках чемпионата Премьер-лиги КФС насчитывает шесть поединков. Наша команда пять раз обыграла бахчисарайцев и один раз сыграла вничью. Разница мячей – 17:8 в пользу «Севастополя».
Последние очные встречи коллективов состоялись в рамках Открытого зимнего Кубка КФС 2019 года. На групповом этапе сильнее оказался «Кызылташ» – 4:1, а в поединке за 3-е место победу праздновал «Севастополь» – 3:0.