История "Крымтеплицы" начинается в 1999 году, когда на одноименном сельхозпредприятии была создана футбольная команда. В 2000 году "Крымтеплица" стала чемпионом Украины среди сельских коллективов физкультуры, а в 2001-м подтвердила свой статус, параллельно завоевав "бронзу" в чемпионате Крыма. В 2002-м команда из Молодежного стала чемпионом Крыма, и руководство клуба приняло решение заявить коллектив во вторую лигу чемпионата Украины. В своем дебютном сезоне 2003/2004 гг. тепличники завоевали "бронзу" чемпионата, а уже в следующем году досрочно стали чемпионами. "Крымтеплица" провела в первой лиге украинского футбола восемь сезонов. Лучший результат — 4-е место в чемпионатах 2006/2007 и 2010/2011 годов.
Очередным этапом в истории команды стал чемпионат Премьер-лиги КФС. Первый сезон 2015/2016 гг. "Крымтеплица" провела в турнире любительских команд, который уверенно выиграла. В дебютном сезоне в Премьер-лиге КФС «Крымтеплица» завоевала серебряные медали и стала финалистом Кубка КФС. В сезоне 2017/18 гг. коллектив из Молодежного выиграл Открытый зимний Кубок КФС, Кубок и Суперкубок Премьер-лиги КФС.
В межсезонье в «Крымтеплице» произошли определенные изменения. Команду возглавил Антон Монахов. По семейным обстоятельствам Молодежное покинули бразильские братья-близнецы Уэслей и Эвертон (Сидней Де Брито). Им на смену из Бразилии прибыли защитник Фалкао Джеферсон и полузащитник Натан Шавес. Под знамена «Крымтеплицы» были призваны вратарь Дмитрий Зайцев, защитники Иван Устинов и Руслан Имаев, полузащитник Георгий Берёзов.
Начало текущего сезона для «Крымтеплицы» было более чем удачным. Первый круг команда прошла без поражений и завершила его на втором месте, отставая от лидера на два очка. Второй круг тепличники провалили, добыв в шести играх всего 5 очков, в итоге рискуя оказаться вне первой четверки команд турнира по итогам осенней части сезона.
Футбольные поединки "Севастополя" и "Крымтеплицы" всегда носили принципиальный характер. В рамках чемпионата Премьер-лиги КФС, Кубка КФС и Открытого зимнего Кубка КФС команды провели 12 матчей. Пять поединков выиграл ФК "Севастополь", четыре — «Крымтеплица», и три встречи завершились вничью. Разница забитых и пропущенных мячей — 17:14 в пользу севастопольцев.
На стадионе в Севастополе коллективы в последний раз играли 26 мая 2018 года — в 27-м туре прошлого сезона. Тогда наша команда выиграла — 2:0. Голы в ворота «Крымтеплицы» забили Тарас Медведенко и Редван Османов.