Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. В сезоне 2016/17 гг. "Кызылташ" дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял третье место. В сезоне 2017/18 гг. команда пополнила ряды Премьер-лиги КФС. Свой первый чемпионат среди профессионалов «Кызылташ» завершил на пятом месте.
Руководством клуба результат был признан успешным, и в новом сезоне "Кызылташу" поставлена задача войти в тройку призеров. В связи с этим в летнее межсезонье на должность главного тренера команды был назначен Владимир Мартынов, ранее возглавлявший «Евпаторию». Вместе с ним в бахчисарайскую команду перебрались футболисты Зеки Алиев, Вадим Автаев, Александр Борщ, Назим Эюпов и Максим Давидчук. Из «Крымтеплицы» были приглашены Алексей Тищенко и Антон Шевчук, из «Севастополя» пришел Илья Кожемякин. Команду усилили футболисты с материка вратарь Алексей Скорняков, полузащитник Владислав Гончаров и защитник Алексей Курилов.
Первый круг чемпионата «Кызылташ» закончил на четвертой строчке турнирной таблицы и в настоящее время продолжает на ней оставаться, отставая от нашей команды на два очка.
История личных встреч ФК «Севастополь» и ПФК «Кызылташ» в рамках чемпионата Премьер-лиги КФС насчитывает пять поединков. Наша команда четыре раза обыграла бахчисарайцев и один раз сыграла вничью. Разница мячей – 16:8 в пользу «Севастополя».
Последняя очная встреча коллективов состоялась 15 сентября 2018 года в Севастополе в рамках 5-го тура чемпионата Премьер-лиги КФС и завершилась победой хозяев – 3:0.