Официальной датой создания клуба является 2 мая 2016 года. Слово «кызылташ» переводится с крымско-татарского как "красный камень". Краснокаменка – это поселок, который находится недалеко от Ялты, и первые футболисты, выступавшие за клуб, были из этого населенного пункта. В сезоне 2016/17 гг. "Кызылташ" дебютировал в открытом чемпионате Крыма по футболу среди любительских команд, по итогам которого занял третье место. Так как победитель турнира и серебряный призер соревнований отказался от повышения в классе, "Кызылташу" была предоставлена возможность пополнить ряды Премьер-лиги КФС. В сезоне 2017/18 гг. команда стала пятой среди профессионалов.
Руководством клуба результат был признан успешным, и директором "Кызылташа" Альбертом Куршутовым была поставлена задача в новом сезоне войти в тройку призеров чемпионата. В связи с этим в летнее межсезонье на должность главного тренера команды был приглашен Владимир Мартынов, ранее возглавлявший «Евпаторию» и приведший ее к победе в ПЛ КФС. Вместе с ним в бахчисарайскую команду перебрались футболисты Зеки Алиев, Вадим Автаев, Александр Борщ, Назим Эюпов и Максим Давидчук. Из «Крымтеплицы» были приглашены Алексей Тищенко и Антон Шевчук, из «Севастополя» пришел Илья Кожемякин. Команду усилили футболисты с материка вратарь Алексей Скорняков (последний клуб «Текстильщик» Иваново), полузащитник Владислав Гончаров («Судостроитель» Николаев) и защитник Алексей Курилов известный по выступлениям за харьковский «Металлист», луганскую «Зарю», полтавскую «Ворсклу» и юношеские сборные Украины разных возрастных категорий.
Результат не заставил себя долго ждать. После четырех туров «Кызылташ» возглавил турнирную таблицу Премьер-лиги КФС, обыграв «Гвардеец» 3:0, «Океан» – 1:0, «Евпаторию» – 2:0 и уступив лишь «Крымтеплице» – 1:2.
История личных встреч ФК «Севастополь» и ПФК «Кызылташ» в рамках чемпионата Премьер-лиги КФС насчитывает четыре поединка. Наша команда трижды обыграла бахчисарайцев и один раз сыграла вничью. Разница мячей – 13:8 в пользу «Севастополя».
Последняя очная встреча коллективов состоялась 13 мая 2018 года в Севастополе в рамках 25-го тура чемпионата Премьер-лиги КФС и завершилась боевой ничьей – 3:3.